La naturaleza ha regalado a Vejer, un maravilloso tesoro en lo referente a la fauna y flora, parques naturales protegidos.Sin duda uno de los parajes naturales mejor conservados, a pesar del turismo en España.

Con una situación privilegiada entre espacios naturales protegidos, Vejer se convierte en el lugar idóneo para entrar en contacto directo con la naturaleza. Su reserva natural permite disfrutar de la variada flora y fauna mediterránea que existe en la zona.
Vejer es un oasis bucólico en la comarca de la Janda. Diferentes enclaves naturales, costa e interior separadas ambas líneas por las marismas. Y recordar que en Vejer se hallaba la laguna de la Janda, que aún hoy en primavera es un tesoro natural, donde planean halcones abejeros y cigüeñas en el camino al viaje que han de emprender cruzando el estrecho de Gibraltar.
El pueblo está engalanado en una colina, repoblada con bosque mediterráneo, pino y acebuche, además de lentisco y variedades del bosque mediterráneo.
La exuberante flora que se extiende por el parque natural de la Breña y marismas de Barbate es típica del agradable clima mediterráneo, pudiendo encontrar entre otras especies:
Arbustos mediterráneos, alcornoques, lentiscos, acebuches, pinos, sabinas, flores silvestres.
La fauna
Tan variada y rica como la flora, las especies animales de la zona de Vejer está poblado principalmente por las siguientes especies:
Gorzos, zorros, ciervos, muflones, conejos, liebres, ruiseñores, halcones, águilas, palomas torcaces, perdices, zorros, pato común, pato real, ganso, malvasía.
Gracias a su emplazamiento, situado en el centro de la primera zona migratoria de Europa, pueden observarse el paso de diferentes aves en distintas épocas del año. Así podemos encontrar la cigüeña común, la cigüeña negra, gansos, tórtolas, aguiluchos, águilas, codornices.
Como zona protegida Vejer cuenta con el Parque Natural de la Breña y Marismas de Barbate. Este parque alberga una diversidad paisajística difícil de encontrar en otros lugares. La zona terrestre representa el 77% de la superficie total del Parque Natural, mientras que los ambientes puramente marinos abarcan el 23%. Los ecosistemas más representativos del Parque Natural son: El pinar ( especie predominante en los montes, dunas y breña).Su aprovechamiento principal es la recolección de piñas. También encontramos pino carrasco, Acebuchal, además de diversas especies de flora amenazadas. Acantilados (constituye uno de los hitos paisajísticos más emblemático del Parque Natural). Marismas (constituye una importante área de descanso e invernada para numerosas especies de aves, sistemas marinos y dunas. Esta designado como zona especial de protección para las aves ( ZEPA) y propuesto como lugar de interés comunitario ( LIC). Es importante resaltar los senderos de este parque así como las áreas recreativas.